有關109學年度大專校院學雜費調整事宜，截至受理申請截止時間6月10日下午5時止，未有大學申請調漲日間學士班學雜費，教育部感謝各大專校院審慎考量疫情對學生和家庭之影響，一同共體時艱、共渡難關。
教育部特別強調，為減輕大專校院因嚴重特殊傳染性肺炎影響所造成之辦學衝擊，業於3月30日及5月22日啟動兩波對大專校院的紓困，補助「減收未能返臺境外生之彈性學雜費」、「實施校園防疫工作」、「向民間承租境外生宿舍之收支缺口」、「學校對不動產出租或委外廠商給予租金減收」等措施，以維護學校校務正常運作，使學生安心就學。
另教育部也針對學校自2月起透過「大專校院弱勢學生助學計畫」、「高等教育深耕計畫就學協助機制」提供學生各類緊急紓困措施經費，並已於6月9日通函學校可申請經費補助，以鼓勵學校擴大照顧受疫情影響學生，減輕其就學經濟負擔。